物種自身
物種特化和遺傳衰竭，往往是導致物種瀕危甚至滅絕的內在原因。某些種類的野生動物在長期的進化過程中，適應了某種特定的棲息環境而產生了特別的習性（包括食性），使其難以適應變化了的環境或其他環境，最終落得“不適者被淘汰”的結局。如大熊貓特化爲主要以竹爲食，一旦失去其現有棲息地或竹子大面積開花枯死，大熊貓無竹可食，必然大批死亡，出現生存危機。一些野生動物在長期的演化過程中，由於種種原因而受到生活力減退和遺傳力衰退的威脅，導致其種羣數量難以恢復而趨於瀕危。如朱䴉，現存數量很少，存在一定程度的近親繁殖，再加上處於人類的半飼養狀態，個別適應於野外生活的基因可能會逐步丟失，進而危及其生存，甚至導致其滅絕。
人爲破壞
人類爲發展經濟砍伐森林、圍湖圍海造田、過度放牧等，直接造成了野生動物棲息地喪失，間接導致了野生動物的瀕危。森林和草原是野生動物，特別是獸類、鳥類、爬行類以及昆蟲最主要的棲息地之一。森林的砍伐和緊隨其後的開荒種地以及草原過度放牧，既佔據了野生動物固有的家園，又將野生動物人爲地分割成許多孤島狀的小種羣，使得它們的生存繁衍遭到極大的影響。圍湖造田和佔用灘塗是導致水禽、兩棲和爬行動物以及魚類瀕危的主要原因。溼地、湖泊以及沿海灘塗被大量開發成工農業用地後，使依賴於此的動物喪失了棲息地、繁殖地而瀕於滅絕。如揚子鱷，在地球上已經生活了上億年，由於棲息地的喪失，野生種羣快要絕跡了，有關部門打算利用人工繁殖的個體實施再引進工程，但苦於無地而不得不坐等揚子鱷野生種羣滅絕。
環境污染
20世紀以來，由於農藥、鼠藥、化肥、煤炭、石油的廣泛使用，產生了大量工業“三廢”和有毒物質，嚴重污染了大氣、土壤和水體，野生動物健康受到損害，繁殖力日漸低下，許多江河湖泊已不再適於水生野生動物的生存繁衍。某些生態位較高的野生動物因爲食物鏈的關係也受到了程度不同的株連。
亂捕濫獵
亂捕濫獵是造成許多物種瀕危的直接原因。龜鱉類、蛇類、鷹隼類、藏羚羊、觀賞鳥類和蛙類是獵捕最爲嚴重的幾類動物。
龜鱉肉、蛇肉和田雞腿的美味、野鳥的動聽歌聲和豔麗身姿、獵隼活體和藏羚羊絨的國際黑市等，均招徠了上述動物的捕殺之禍，致使其野外資源量銳減，不少已處於瀕危或極度瀕危狀態。
因人類過度放牧和開墾，使草原沙化愈加嚴重。野山羊、黃羊等草原生物的數量也在銳減。
自然災害
自然災害也是導致物種瀕危的原因之一。比如，1998年長江流域罕見的洪災，使許多棲息於平原地區或丘陵地區的野生動物蒙受了滅頂之災。
