胎兒耳朵畸形跟遺傳有一定的關係，比如父母本身在某一方面有生理缺陷，這可能使他們的生殖細胞中也有缺陷，這種缺陷傳給下一代，就能導致出現如外耳道閉鎖、中耳畸形、內耳發臺不全等先天性耳聾病。
建議準爸媽備孕期就做好全面的孕前檢查，若身體有異常應治療好後再懷孕。且孕前檢查還能提前得知胎兒患病的機率。
孕期準媽媽用藥不當也是導致胎兒耳朵畸形的重要原因之一。比如服用了抗感冒、抗菌素類藥物或維甲酸類藥物，會導致胎兒先天性小耳畸形。還有一種幫助孕婦止吐的藥物會導致胎兒出生後缺耳朵。以鏈黴素和慶大黴素爲首的氨基甙類抗生素會直接毒害胎兒聽覺器官。
因此，孕期準媽媽用藥一定要謹慎，應在醫生的指導下用藥，絕不可自行盲目用藥，尤其是孕早期胎兒發育的關鍵時期。
孕早期時，準媽媽患有某些疾病，如風疹、流感、乙腦等，都可能損害胎兒的聽力。梅毒還可能導致胎兒先天性性耳聾。
妊娠期間，準媽媽患有某些疾病阻礙了孕婦和胎兒的新陳代謝，也可能導致胎兒耳朵畸形。比如甲狀腺功能低下，可能引起胎兒內耳畸形，患有妊娠糖尿病的孕婦胎兒患有先天性畸形的機率也會增加。
