孕婦甲狀腺炎主要危害是會影響甲狀腺功能，引起甲減。因此患有此病的準媽媽治療的關鍵就是調節甲狀腺功能，在這期間，要經常定期檢查甲狀腺，以便隨時調整用藥。
患有甲狀腺炎的準媽媽要在醫生的指導下服用藥物，以便控制體內甲狀腺水平引起甲減。患有甲減的準媽媽常見的用藥有左甲狀腺素鈉片，它可補充甲狀腺素，使甲狀腺素處於正常值的低限或低於低限水平，且對孕婦的影響小。
孕期準媽媽患有甲狀腺炎大多都伴有甲減，甲減會引起胎盤在分娩胎兒之前就從子宮內壁脫離，威脅到母親和胎兒的生命。另外，甲狀腺炎還會提高孕婦早產的危險性，引起後代智力和生長發育異常。因此，患有甲狀腺炎的準媽媽要及時去醫院檢查治療。
