甲硝唑主要是廣譜抗生素，對厭氧桿菌及滴蟲效果尤明顯。泌尿系感染多見於革蘭氏陰性菌感染，一般不用甲硝唑治療泌尿系感染。除非是滴蟲性陰道炎合併泌尿系感染。
可選擇採用磷黴素、呋喃妥因、喹諾酮類(如諾氟沙星、氧氟沙星、環丙沙星、氟羅沙星等)、第二代頭孢菌素類抗菌藥物(如頭孢克洛、頭孢尼西、 頭孢丙烯、頭孢呋辛等)應用3~7天。
絕大多數急性單純性膀胱炎患者經單劑療法或3日療法治療後，尿菌可轉陰。喹諾酮類不建議應用莫西沙星，因爲該藥不能在尿中達到有效濃度。
治療期間多飲水，口服碳酸氫鈉或枸櫞酸鉀鹼化尿液，必要時可用鹽酸黃酮哌酯或抗膽鹼能類藥物，以緩解膀胱痙攣、減輕膀胱刺激症狀。此外，膀胱區熱敷、熱水坐浴等也可減輕膀胱痙攣。
堅持多飲水，每2~3小時排尿1次，以沖洗膀胱和尿道，避免細菌在尿路繁殖，這是最實用和有效的預防方法。
注意陰部清潔，以減少尿道口的細菌羣。女性患者在月經、妊娠和產褥期尤應注意。男性如包皮過長，應注意清潔，必要時行手術治療，包莖應手術治療。
儘量避免尿路感染器械的使用，必須應用時，嚴格無菌操作。在尿路器械使用48小時後，應做尿培養，以觀察有無尿路感染發生。在尿路器械檢查之前已有菌尿者，應先服抗菌藥以控制感染。以往有反覆尿路感染史或尿路異常者，在尿路器械檢查前後48小時宜服用抗生素預防感染。
如必須留置導尿管，前3天給予抗生素可延遲尿感的發生。
與性生活有關的反覆發作的尿路感染，應於性交後立即排尿及沖洗，並口服一次常用量抗菌藥作預防。
膀胱-輸尿管反流者，需“二次排尿”，即每次排尿後數分鐘，再排尿一次。
