梔子金花丸的副作用尚不明確。
梔子金花丸主要成分有梔子、金銀花、黃芩、黃柏、大黃、黃連、知母、天花粉，都是中藥成分，一般對身體沒有害處。由於梔子金花丸中藥裏面的涼性藥雖然有清熱涼血的作用，如果用法不對或者不對症就會引起拉肚子，肚子痛等症。因此一定要對症用藥，在醫生的指導下服用。
1、忌菸、酒及辛辣食物。
2、不宜在服藥期間同時服用滋補性中藥。
3、有高血壓、心臟病、肝病、糖尿病、腎病等慢性病嚴重者應在醫師指導下服用。
4、服藥後大便次數增多且不成形者，應酌情減量。
5、孕婦慎用，兒童、哺乳期婦女、年老體弱及脾虛便溏者應在醫師指導下服用。
6、嚴格按用法用量服用，本品不宜長期服用。
7、服藥3天症狀無緩解，應去醫院就診。
8、對本品過敏者禁用，過敏體質者慎用。
9、本品性狀發生改變時禁止使用。
10、兒童必須在成人監護下使用。
11、請將本品放在兒童不能接觸的地方。
12、如正在使用其他藥品，使用本品前請諮詢醫師或藥師。
