麻仁滋脾丸的副作用尚不明確。
從成分看，麻仁滋脾丸是由大黃、火麻仁、枳實、厚朴、苦杏仁、郁李仁、當歸、白芍等爲主要成分製成的中藥製劑，主要成分是中藥，可以說使用麻仁滋脾丸治療的話相對來說還是很安全可靠的，基本沒有副作用，這一點不必擔心。不過需要注意的是，麻仁滋脾丸是不建議長期服用的，特別是年性體弱血枯津燥的便祕，不宜久服。
1.服藥期間忌食生冷、辛辣油膩之物。
2.服藥後症狀無改善，或症狀加重，或出現新的症狀者，應立即停藥併到醫院就診。
3.小兒及年老體弱者，應在醫師指導下服用。
4.對本品過敏者禁用，過敏體質者慎用。
5.本品性狀發生改變時禁止使用。
6.兒童必須在成人監護下使用。
7.請將本品放在兒童不能接觸的地方。
8.如正在使用其他藥品，使用本品前請諮詢醫師或藥師。
