針對這一點，專業的兒童保健醫師做出瞭如下解答：單從保健的角度來看，長期給寶寶吃益生菌並不是個好主意。兒童的健康狀態是依靠營養、護理等綜合因素調整，而不能依賴藥物。一些媽媽有這樣的疑問：我的寶寶腸胃不好，經常會拉肚子。長期給他吃含益生菌的藥物，調理腸胃、幫助消化，能夠預防腹瀉嗎？
在正常情況下，寶寶腸道內的益生菌跟其他菌羣互相依存、互相制約、維持平衡，過多的益生菌會被排出體外。雖然目前有關益生菌有副作用的報道不多，但這並不意味着長期服用益生菌沒有副作用。事實上，國外研究已經有因使用益生菌製劑不當引起的過敏反應的報道。所以，寶寶不應將長期服用益生菌作爲預防腹瀉的手段。
特定時補充益生菌是有好處的寶寶體內的免疫系統還不成熟，生病總是難免的。如果寶寶使用了抗生素等殺菌藥物，這些藥物在殺死病菌的同時，也會破壞體內益生菌。當體內益生菌減少了，寶寶就會出現胃口不好、大便不正常、無精打采，有害細菌就會乘虛而入，出現病後又病的惡性循環。此時，適當補充益生菌多半是有益的。益生菌大多使用時間爲1-2周，對於年齡小、體質弱、腹瀉遷延不愈或有嚴重過敏現象的也可以使用1-2個月。
益生菌不宜跟一些藥物一起使用
因此家長在給寶寶服用益生菌前，最好先諮詢醫生，並按照醫生的指導使用。不要自己給寶寶制定藥方。家長還需要留意的是，很多益生菌產品要求在飯前服用，這是因爲飯前胃酸相對較少，有利於更多益生菌活着到達腸道。用藥前請和醫生確定服用時間。
目前，市場上的益生菌產品包括：含益生菌的酸牛奶、酸乳酪以及含多種益生菌的口服液、片劑、粉末劑等等。好的益生菌產品必須具備以下三個標準
1益生菌有很強的活性。因爲只有活的益生菌才能對人體有效。
2活的益生菌的單位數量足夠多（嬰兒需要補充5億株/天）。
3該益生菌產品明確說明有保健作用。
另外，益生菌產品的包裝上還必須有正式批准文號、儲存指示、包裝批號或產品代碼、益生菌的屬種（包括菌株數量和名稱）。如果用商品名稱來識別益生菌，那麼實際的屬種也應該包含在產品標籤上。
