四妙丸在中醫臨牀應用主要是治療溼熱下注所致的痹病，症見足膝紅腫、筋骨疼痛;還有瘻病，表現爲下肢萎軟，步履無力，兩足麻木腫痛，或筋骨疼痛，小便赤澀熱痛，舌苔黃膩，脈濡數。
在現代臨牀上，四妙丸則可以治療溼疹、丹毒以及小兒急性腎炎等病症，作用表現的十分良好。
適用症：
1、溼疹：本方治療急、慢性溼疹、慢性、亞急性溼疹急性發作、藥物過敏所致皮膚溼疹樣變共31例。用藥3至14劑，療效顯著。隨訪11例，僅1例第二年春天覆發並再用本方6劑痊。
2、骨髓炎：四妙丸加減和外用紫色膏治療骨髓炎5例，均愈。療程28～90天，傷口癒合時間爲20至60天。隨訪半年至一年，均無復發。
3、關節炎：患者足、膝、肘、肩、手、指關節疼痛、紅腫、指關節活動困難，堅持用本方治療一年有餘，症狀明顯改善。
4、婦科疾病：四妙丸專於清利下焦溼熱，適合於治療婦科疾病，除溼調經，起到調整月經週期的效果。月經不調溼熱蘊結下焦，熱擾血海，血海不寧甚至經血妄行可致經期延長、月經過多、經間期出血、崩漏等證。
5、其他：本方用於急性、多發性神經炎、急性風溼性關節炎、坐骨神經痛、小兒麻痹後遺症、糜爛性子宮頸炎，有一定療效。
四妙丸忌食酒、肥甘之品。由於四妙丸的藥性和功效，飲酒或食肥甘之品會導致腸胃虛弱之人上吐下瀉。
陰虛者禁用，胃寒者、胃弱少食者慎用，腹部怕冷、大便清稀的，也忌用。
四妙丸意在清熱，所以不宜於附子、肉桂等溫熱藥同用。
孕婦慎用四妙丸。
