有胎兒酒精綜合徵的寶寶會出現面部、中樞神經異常等問題，主要症狀爲：
面部畸形：五官不協調，出現雙眼寬眼距，上脣異常薄，短的朝天鼻，鼻子和上脣之間皮膚光滑，人中長而平，小鼻子等特徵。
發育異常：孕期檢查發現胎兒有發育遲緩、生長受限，發育指標低於同齡胎兒的情況，嚴重的會流產胎停。出生時寶寶體重、身高、頭圍都偏小。
智力問題：隨着寶寶長大會發現其有智力低下問題，同時還伴有走路晚、運動晚等運動異常，還有些有說話晚、語言不連貫，表達障礙等異常。且還有記憶力和注意力下降等學習障礙問題。
孕期準媽媽喝酒攝入了太多酒精，其進入到胎盤，從而阻礙到胎兒的發育，對胎兒所造成的永久出生缺陷，就是胎兒酒精綜合徵。至於缺陷的嚴重程度則要由孕婦喝酒的量、頻率及喝酒的時間所決定。
孕期胎兒有酒精綜合徵有些能查出來，有些查不出來。
有酒精綜合徵的胎兒可能存在某些器官畸形或缺陷問題，一般四肢和麪部畸形等能通過四維彩超檢查查出來，同時胎兒發育遲緩也能檢查發現，這種情況確診後必要時要引產終止妊娠。
不過每個患兒的病情程度不同，有些也是查不出來的，這種只能等胎兒出生後才能發現，再進行治療。
