孕婦甲胎蛋白稍低於正常值，可能是孕期不準、儀器檢查有誤、生活習慣不注意等原因所致，這種情況準媽媽無需擔心，正常妊娠即可。
若是甲胎蛋白值嚴重偏低於正常值，則可能是胎兒染色體有異常，比如患有唐氏綜合徵等，此時應結合絨毛膜促性腺激素(hCG)及妊娠相關血漿蛋白A(PAPP-A)等檢查一起綜合診斷。
孕期檢查甲胎蛋白是預測胎兒畸形的一個有利指標，它的值會隨着孕周發生變化。參考範圍如下：
孕婦妊娠12-14周血中的甲胎蛋白會開始升高，孕28-32周時達到最高峯並相對穩定，但此時仍低於400μg/L，若其超過800ug/L時預示胎兒可能處於危險情況及有畸形的可能。孕34周後甲胎蛋白值開始下降，孕40周下降到20-30ng/ml，產後3周後漸漸恢復正常水平，即0-20ng/ml。
甲胎蛋白主要是在胎兒肝中合成，其中一部分可經羊水部分進入孕婦血液中，因此檢查孕婦血液中的甲胎蛋白能判斷胎兒的情況，有助於診斷胎兒是否患有某些先天性疾病。
孕期甲胎蛋白能查出胎兒什麼疾病：
1、診斷開放性神經管缺陷
當胎兒有開放性神經管缺陷的問題時，甲胎蛋白會從胎兒體內大量漏出，從而使母體血清中的甲胎蛋白濃度顯著升高。因此它在胎兒神經管缺陷(NTD)篩查中的作用是目前其它標誌物無法代替的。
常見的胎兒神經管缺陷疾病有：無腦兒、脊椎裂、露腦與顱脊椎裂等。
2、診斷唐氏綜合徵
當準媽媽的甲胎蛋白值嚴重低於正常值時，很有可能是胎兒患有唐氏綜合徵，所以甲胎蛋白也常作爲唐氏綜合徵的檢測手段。
3、瞭解胎兒成熟度
由於羊水中及準媽媽血清中甲胎蛋白值與妊娠胎齡有一定關係，所以可推測妊娠的年齡，瞭解胎兒的成熟度。
4、診斷其他疾病
死胎、先天性食管閉鎖、十二指腸閉鎖、臍膨出、先天性腎病綜合徵、嚴重Rh血型不合妊娠等甲胎蛋白也可升高。
