近親結婚後代的隱性遺傳病將是非近親結婚後代隱性遺傳病的150倍。據調查，近親結婚的後代所患的先天性心臟病、無腦兒、脊髓裂變等多基因病的發病率約爲1.64%，高於非近親結婚子女的0.57%。
近親結婚的孩子早期死亡率和畸形率也比較高。近親結婚的夫妻，生育的後代很可能會早期死亡，死亡概率是非近親結婚夫妻所生子女的三倍不止，並且近親結婚還會使生育的小孩先天畸形率大大提高，比如出現多指、並指和其他畸形。
近親結婚夫妻所生小孩的智力問題也會受到一定程度的影響，一般近親結婚會容易導致小孩的智力低下，出現先天異常的情況也比非近親結婚夫妻生育的小孩要多。
調查發現，近親結婚的後代體質會比較差，體重較輕，身高較矮。
