克羅恩病的最常見症狀如下
痙攣性腹痛
慢性腹瀉(如果大腸嚴重受累，有時會發生血性腹瀉)
發熱
食慾不振
體重減輕
克羅恩病的症狀可能持續數天或數週，也可能自行消退。首次發作後即完全緩解並再不復發的情況很罕見。克羅恩病幾乎總是在患者的整個生命中不定期發作。發作可能是輕度或嚴重的，短暫或長期的。嚴重發作可能導致強烈腹痛、脫水和消化道出血。
目前仍未弄清楚爲什麼克羅恩病病情會時好時壞、什麼原因使其發作或哪些因素與病情嚴重程度有關。每次炎症復發一般仍在腸道原來的病變部位，但在手術切除病變腸段後，病變可擴散到相鄰區域。
在兒童中，胃腸道症狀如腹痛、腹瀉可能不是主要症狀，甚至不出現這些症狀。相反，其主要症狀可能是生長髮育緩慢、關節炎、發熱或因貧血導致的虛弱和疲勞。
克羅恩病的非腸道併發症也可能會發生。少數情況下，原發性硬化性膽管炎所帶來的肝臟排液管(膽管)的炎症或梗阻會導致肝炎或黃疸。手背或手掌的皮膚可能會出現紅疹(結節性紅斑)。在一些極其嚴重的病例中，上述情況可能會變成陰部潰爛，通常出現在大腿的脛部。這通常可以顯示腸道克羅恩病的治療不當。
眼內炎症稱爲葡萄膜炎，可能導致眼睛疼痛，尤其在眼睛接觸陽光的時候(畏光症)。眼白部分出現炎症以至變紅也可能會發生，並且形成稱爲表層鞏膜炎的疾病。
一處或多處的身體關節也可能會出現炎症(關節炎)。通常關節炎會影響較大的關節部位，如膝蓋或肩膀，或者可能只侷限於手或腳部位的小關節。關節炎也可能會影響整個脊椎(強直性脊柱炎)或者只是影響較下方的脊椎(骶髂關節炎)。關節炎的症狀包括關節疼痛，炙熱感，腫脹，並且僵硬，以及關節移動或功能的缺失。這種類型的關節炎據說是“血清陰性”，因爲這些疾病通常不包含在風溼性關節炎血液測試中所能發現的類風溼因數。
克羅恩病的併發症包括
腸道阻塞(梗阻)
腸穿孔(破裂)
腹腔膿腫(化膿性感染)
瘻管(腸道和皮膚或其他器官之間的異常連接通道)
肛裂(肛門皮膚撕裂)和肛門膿腫
結腸癌(大腸癌)
中毒性巨結腸是克羅恩病影響大腸(結腸)時可能發生的一種罕見併發症。大腸停止正常的收縮和擴張，有時導致腹膜炎。患者可能需要手術。
因慢性炎症造成的瘢痕可導致腸梗阻。穿透腸壁的深層潰瘍可形成膿腫、開口瘻管或穿孔。瘻管可連接腸道的兩個不同部位。瘻管也可穿通腸與膀胱或者腸與皮膚表面，尤其是肛周皮膚。儘管小腸間的瘻管很常見，但很少出現腸穿孔。肛門皮膚撕裂很常見。
當大腸因克羅恩病廣泛受累時，通常會出現直腸出血。罹患克羅恩結腸炎多年後，患者發生結腸癌(大腸癌)的危險增加。約1/3的克羅恩病患者有肛門周圍病變，尤其是肛瘻和肛裂。
克羅恩病還可致身體其他部位的併發症。這些併發症包括
膽結石
營養素吸收不足(吸收不良)
泌尿道感染
腎結石
澱粉樣蛋白沉積在若干器官中(澱粉樣變性)
當克羅恩病引起胃腸道症狀發作時，患者也可能出現以下狀況：
關節炎
眼白炎症(淺層鞏膜炎)
口腔潰瘍(口瘡性口炎)
手臂和腿部出現炎性皮膚結節(結節性紅斑)
即使克羅恩病沒有引起胃腸道症狀發作，患者仍然可能有如下完全與腸道無關的疾病：
嵴柱炎症(強直性嵴柱炎)
骨盆關節炎症(骶髂關節炎)
眼內炎症(葡萄膜炎)
膽管炎症(塬發性硬化性膽管炎)
可能含有膿液的紫色皮膚暗瘡(壞疽性膿皮病)
