黑枸杞中含有紅枸杞所沒有的天然原花青素，其原花青素含量超過藍莓(黑果枸杞含OPC 3690mg/100g;藍莓含OPC 330～3380mg/100g)，這也會黑枸杞呈黑色的原因。
一般正宗的黑枸杞都是野生的，顆粒比較小，是偏圓形的黑色果實，帶有一個小的果柄。
而紅枸杞是扁長形的紅色果實，而且一般沒有果柄。
由於黑枸杞中特有的原花青素是一種熱敏性活性物質，溫度太高花青素會分解，因此在泡黑枸杞時要用60度以下的溫水或者是冷水沖泡。
而紅枸杞不怕高溫，其可以直接嚼食、泡水、泡酒、熬湯等。
黑枸杞和紅枸杞除了顏色之外最大的差異便是價格相差比較大。
黑枸杞由於產量少，營養價值高，已經的價格從幾百元到幾千元一斤不等。
而紅枸杞的價格一般在幾十元一斤到一百元左右一斤不等。
