新鮮猴頭菇的根部是猴頭菇發苦的一個重要塬因，因此在處理猴頭菇前一定要把根部剪除乾淨，否則烹飪出來的蘑猴頭菇就會帶有苦味。
小貼士：如果是遇到子實體變紅的猴頭菇的話最好不要吃，因爲這類的猴頭菇也會帶有苦味，並且烹飪時候不好清除苦味，只能做到輕微的減少苦味。
猴頭菇用水清洗兩三次，加水淹過。半小時換水(共兩次)，再等約兩小時再換(兩次)，換水四次至六次，總共泡水至少5小時以上，最長可隔夜，不過長時間浸泡若是在夏天最好置入冷藏。
換水過程：先將猴頭菇吸飽的水擠壓出來，剛開始菇的中心還是硬的，只需擠出花朵部分，浸泡超過一小時後，菇應該已經軟化，每次換水務必將水擠壓出來，再清洗一兩次擠壓，才添加新水浸泡。
小貼士：蘇打水在對猴頭菇的苦味也有很好的清除作用，在用清水泡發開之後可用適量的蘇打水浸泡一次，再清洗乾淨，能清除掉苦味，若是沒有蘇打水，可用淘米水代替，效果較蘇打水差一些，需浸泡2~3次。
經過至少五小時浸泡，洗淨，用手將猴頭菇撕成小塊，蒂頭部位若有硬塊需先切除。菇別撕太大塊，烹調過程會膨脹。小菇塊置入大湯鍋加水淹過，擺放爐上煮開，改小火持續滾煮20分鐘，期間偶爾攪拌一下確認菇塊都能煮到。撈出猴頭菇加冷水清洗，最後再擰乾，撕一小塊試吃是否還有濃重苦味，若苦味還很重，再煮一次至少十分鐘。
