甲狀腺低下的常見原因，和工廠生產不足的狀況很類似，包含：
1、自體免疫疾病：最常見的是橋本氏甲狀腺炎 (Hashimoto’s Thyroiditis)，自體的免疫系統會攻擊甲狀腺的正常細胞，讓甲狀腺沒辦法順利合成。
2、碘攝取不足：甲狀腺要合成的時候，碘是重要的原料。如果原料不夠，自然就沒辦法生產足量。
3、甲狀腺手術：有些甲狀腺腫大的患者，因爲實在腫得太大了，導致影響正常的吞嚥以及呼吸，就會接受甲狀腺切除手術。甲狀腺都被切掉了，當然甲狀腺素就不足了。
4、藥物影響：最常見影響甲狀腺素生產的藥物，是身心科用來處理躁鬱症的藥物鋰鹽 (lithium)，其他還有一些抗癲癇藥物或抗心律不整藥物，都可能產生影響。
5、放射線治療：有些頭頸部癌症的患者，例如口腔癌患者，可能會接受放射線治療。放射線攻擊癌細胞的同時，也可能傷害到正常的甲狀腺組織，導致甲狀腺低下。
臨牀上甲狀腺功能低下症的患者經常是60歲以上的女性，除此之外，甲狀腺功能低下症也可能由醫療行爲所引發。
女性
60歲以上的老人
擁有甲狀腺相關疾病家族史的人
擁有各種自體免疫疾病家族史的人
服用抗甲狀腺藥物或接受放射性碘治療的人
接受過甲狀腺相關手術的人
孕婦或剛生產過的婦女
醫師通常都會建議患者每天口服合成的甲狀腺荷爾蒙補充劑，或稱左旋甲狀腺素(Levothyroxine)。但除了合成的甲狀腺素，其實也有從豬的甲狀腺萃取的天然產品。接着，醫師會每2~3個月檢查患者，並調整劑量。有心血管疾病，和嚴重甲狀腺機能低下的人，使用左旋甲狀腺素治療的初始劑量，須特別注意不能過多，並且要循序漸進地增加。若劑量過多，就會造成食慾大增、失眠、心悸，和顫抖的副作用。甲狀腺機能低下症狀不明顯的人，請與醫師討論其他治療方法。
此外，某些營養補充品和藥物，可能會影響身體對左旋甲狀腺素的吸收，因此若有以下狀況請告知醫師：
攝取很多黃豆製品或高纖食品。
有在使用鐵質補充劑，或含鐵的綜合維生素。
服用銷膽胺(Cholestyramine)、氫氧化鋁(Aluminum hydroxide，常見於許多制酸劑中)、鈣質補中品。
