專家建議媽媽們不要長期給寶寶吃合生元益生菌。
長期吃合生元益生菌會讓寶寶的腸胃產生依賴性，因爲隨着寶寶長大，寶寶身體裏的有益菌羣也在發展壯大中，若是一直給寶寶餵食合生元益生菌，寶寶體內益生菌足量了，那麼多餘的益生菌是隨着便便排出體外的，反而影響寶寶腸胃消化吸收功能。
另一個方面，合生元益生菌是幫助寶寶調節腸胃功能，等到寶寶的腸胃回覆正常，若仍然繼續長期吃益生菌，會干擾寶寶腸胃發展，
形成被動模式;如果經過長期食用之後再停止食用，寶寶腸胃一下不適應，有可能會使寶寶產生腹瀉問題。
合生元益生菌中含有香蘭素，有比較明顯的香味，如果長期吃的話，會對寶寶的肝臟產生影響，這個影響會是永久性的。所以，爲了寶寶的健康成長，不建議長期食用益生菌。
如果寶寶身體一切正常，平時不管是喝奶粉還是吃輔食，沒有出現便祕、上火等症狀，抵抗力也不錯，那麼不建議吃益生菌;
如果寶寶的抵抗力比較差，經常生病、上火等，建議可以食用合生元益生菌，等到寶寶腸胃恢復正常，應該停止服用益生菌，讓寶寶的腸胃功能學會發展壯大。
摻在奶粉裏
在寶寶喝奶粉的時候，將合生元益生菌放到奶粉中，讓寶寶喝。
用溫水單獨沖服
用溫水衝合生元益生菌，避免用開水衝，會把有益菌殺除，導致營養成分流失。
建議用37攝氏度的溫水沖泡最爲適宜。
建議不同年齡段服用不同的量
0-6個月的寶寶，每天喝半包左右，早餐前或同餐服用;
6個月-1歲的寶寶，建議每天1包，早餐前或同餐服用;
1-7歲的寶寶，每天兩包，早晚各一包，餐前或同餐服用;
不要喝的太多或者太少，太多了會加重消化負擔，喝少了會達不到預期效果。
不能和抗生素藥物同服用
如果寶寶吃了抗生素藥物，應該在服用抗生素藥物2小時後再給寶寶服用合生元益生菌。
