魚油當中主要所含的兩種脂肪酸EPA及DHA，EPA主要是保護心血管，防止血栓形成;而DHA則是對大腦的營養與眼睛的健康相關。但較少人知道的是EPA：DHA不同比例是會有不同的功效。
心血管防護
心肌梗塞及猝死機率
一則針對11篇期刊整理的回顧性報告中(2篇透過飲食補充深海魚及另外9篇是使用魚油補充劑)，EPA:DHA劑量分別從3:2~1:2，平均介入時間長達20個月，顯示有效降低30%的心肌梗塞機率、降低30%猝死機率及減少20%整體死亡率[2]。
降三酸甘油脂
EPA及DHA此類Omega-3脂肪酸，其中一項最廣爲人知的功效就是降低空腹及飯後三酸甘油脂，不管是EPA、DHA或者兩者合併都可以降低14-35%的空腹三酸甘油脂，有部分的實驗認爲DHA的效應是大於EPA的，但是差異其實不是很明顯。
改善血壓
Omega-3脂肪酸具有提升血管內皮而達到改善血壓的作用，DHA在不同的實驗模式下(動物或人體)，在降低舒張壓及收縮壓上的效應都明顯比EPA強，此外在提升血管內皮功能上也是DHA有較佳的反應，不過不管是EPA或DHA都具有抗動脈硬化的作用。
心跳調節
心跳的增加是心血管疾病死亡率一項重要的危險因子，一篇2005年的研究給予1600多位健康成人，每天3.5克的Omega-3(同時含有EPA及DHA)補充超過2周，可有效的降低心跳速率。另有研究只有在DHA的組別觀察到減少體重過重高血脂男性的心跳頻率的效應。
抗發炎
脂肪酸攝取比較多，是具有抗發炎的效應。根據現有的結果顯示，EPA及DHA在抗發炎的效應上沒有顯着差異，而研究實驗多以標準魚的油脂比例EPA:DHA=3:2來做實驗的 。
想要透過魚油保健品達到抗發炎的效應，建議可以攝取比例EPA:DHA=3:2
抗憂鬱
目前針對EPA及DHA抗憂鬱的研究大多是根據流行病學得出的結果，較多的推論都是認爲EPA較DHA更有能力調節對抗憂鬱的效應，根據目前現有的證據EPA每日2公克對於嚴重的成人憂鬱情形是有改善效果的。
針對憂鬱保健上可以選擇EPA含量高的產品。
視力保健
Omega-3 脂肪酸特別是DHA在眼睛視網膜內濃度特別高，因此就有不少研究針對脂肪酸與眼睛相關疾病進行流行病學或介入實驗後進行探討。根據流行病學調查的結果，增加魚類及堅果類的攝取有助於降低老年性黃斑部病變的風險。
黃斑部病變依照脈絡膜新生血管的有無可以分爲乾性(佔9成)及溼性黃斑部病變，乾性黃斑部與DHA太少有關;而溼性黃斑部病變同時與EPA及DHA有關，其他的眼部疾病如白內障，沒有很足夠的證據支持EPA及DHA的攝取具有改善效果。
針對視力保健上可以選擇DHA含量高的產品。
認知障礙/失智
流行病學調查發現增加Omega-3的攝取可使思緒較敏捷並降低失智的風險，此外有不少研究也證實在阿茲海默氏症腦部DHA濃度會減少。另外血清中的DHA含量也可做爲失智預測的一項獨立因子，
2012年一項研究針對中度認知障礙的老年人分成三組，分別是富含EPA組;富含DHA組;富含Omega-6脂肪酸(linoleic acid)組。並分析憂鬱症狀、生活品質及認知功能的改善，發現憂鬱量表的結果EPA或DHA組別都優於Omega-6脂肪酸組，然而說話流暢度及自評身體健康狀況時只有DHA組別有明顯提升。
針對預防或減緩認知障礙保健上，可以選擇DHA含量高的產品。
孕婦及胎兒
孕婦若攝取較多的Omega-6會增加生早產兒的機率，這是因爲Omega-6的攝取會合成較多助分娩的類賀爾蒙的物質;相反的攝取較高的Omega-3，孕婦其妊娠時間通常會較長。此外攝取較高量的Omega-6，會增加發生子癲前症(爲一種懷孕期間的高血壓症狀)的風險;而每天2.7 g的Omega-3補充可以延長妊娠時間。
當懷孕第三期母體對於DHA需求量會增加，因爲胎兒體內無法合成足夠的DHA，許多研究針對孕婦在懷孕第三期或哺乳期間，補充DHA有助於新生兒認知功能的發育、還可提升新生兒的睡眠週期、IQ指數也較高。懷孕後期因爲胎兒需要增加會消耗孕婦體內DHA，而此當孕婦體內的DHA降低會增加產後憂鬱症的發生率。
以往總是聽長輩說，懷孕期間要多吃深海魚來補充Omega-3脂肪酸，現今反而推薦孕婦從魚油補充品來獲得Omega-3，因爲天然深海魚的來源品質不穩定外，還有機會額外攝取過多的重金屬及其他毒性物質。
懷孕期間補充Omega-3(不論是EPA或DHA)是有助於減少懷孕期間可能出現的不良反應，像是減少生出早產兒或子癲前症，而孕婦則可避免產後憂鬱症的發生。在針對胎兒腦部發育上則可以挑選DHA含量較高的補充品。
