奶茶就算再受到各種年齡層消費者的喜愛，還是被視爲極不健康的飲料，因爲奶茶具有高糖、高脂與高咖啡因的三高特色，這三高都會對人體健康造成直接的危害。
高糖
以成人每日攝取熱量2000大卡計算，添加糖所提供的熱量不得超過200大卡，換算約是50克的糖，也就是以不超過9顆方糖爲基準，然而市面上販售的各式奶茶，即使標示微糖的，含糖量大概都有10顆以上，換句話，只要隨便喝上一杯奶茶，一天的攝糖量就超標了。
高脂
除了含糖量高之外，奶茶中的脂肪含量也偏高，平均每100cc的脂肪含量達6.3克，一杯700cc的奶茶就含有42克以上的脂肪。對於平均一天要攝入2000大卡熱量的健康成年人來說，營養師建議一天的脂肪攝入量不要超過66克，而光是喝下一杯奶茶的脂肪攝取量已接近警戒值的2/3。如果大量飲用奶茶超過3個月，不僅血脂可能會升高，而且脂肪堆積在腹部，非常容易讓人發胖。
奶茶還有另一項讓人憂慮的反式脂肪潛存問題，營養師建議人體每天反式脂肪酸的攝入量應不超過2克，有研究顯示，每天只要攝取4到5克的反式脂肪，就會增加血液中的壞膽固醇，還會增加三酸甘油酯，造成血管阻塞和發炎，提高罹患心血管疾病和糖尿病的風險23%。 而市面上販售的奶茶多數都是使用奶精，其中就含有反式脂肪，因此很多奶茶的反式脂肪含量都會超標，有些甚至高達6.2克，遠遠超過一天2克的標準。
高咖啡因
香港食品安全中心曾經公佈臺式奶茶咖啡因抽驗結果，結果一堆臺灣連鎖飲料業者，每杯平均400cc手搖杯奶茶的咖啡因含量都在110到160毫克，比星巴克、麥當勞的泡沫咖啡含量還高。而上海也曾經做過一項類似的調查，結果發現一杯奶茶中咖啡因的平均含量達270毫克，含量最高的竟達到428毫克，等於4杯咖啡的咖啡因量。
咖啡因是一種中樞神經興奮劑，能暫時的驅走睡意並恢復精力，所以每天適度攝入咖啡因可以達到提神的作用，但如果在短時間內攝入過量，則會引起身體的不良反應，例如出現神經過敏、易怒、焦慮、心悸、失眠等症狀。此外，長時間攝入過量咖啡因，也容易造成骨質流失，可能會增加患骨質疏鬆的風險。
