一般建議在飯後服用深海魚油效果會比較好，因爲食物會幫助深海魚油的吸收、而深海魚油也有助於脂溶性維生素的吸收，飯後吃的吸收效果比較好。
但是切記，在服用魚油後的兩個小時裏不要喝茶、喝酒或含咖啡因的飲料，比如咖啡、可樂等，也不要在四小時內服用其他藥物，避免藥性相剋。
科學方法：早晨吃魚油1--2粒，晚上卵磷脂1--2粒;每日3次，每次1~2粒，飯後服用。
建議方法：魚油最好配合卵磷脂一起服用，一般按1：2或者1：3比例效果最好。老年人1：3的比例比較好.飯後服用。
保健方法：可少量服用，如：每天服一次，每次一粒。
1、凝血功能不全者、服用阿斯匹靈者、近期開刀者、對魚類過敏者，都應先避免使用，因爲凝血功能不全者、服用阿斯匹靈者、近期開刀者都可能有「出血性」的問題，早期文獻有提到凝血異常者每日攝取3000mg的ω-3脂肪酸可能增加出血性風險，若真要服用，請先向醫師諮詢建議
2、鈣片與魚油要避開使用(間隔三小時)，因脂肪酸於鹼性環境中，就可能會與鈣發生交互反應而降低吸收率，並有可能會造成肚子不適。
3、懷孕的過程中可以補充魚油，但是懷孕32周後建議停止，以免有凝血(不好止血)的問題。
